Muhammad Abduh lahir di Delta Nil yang sekarang masuk dalam wilayah Mesir sejak tahun 1849. Ayahnya bernama Abduh Hasan Khairullah, seorang imigran yang berasal dari Turki dan telah lama menetap di Mesir. Adapun sang ibu berkebangsaan Arab yang memiliki garis keturunan dari Khalifah Umar Ibn Khatab.
Kedua orang tua Abduh tinggal di desa Mahallah Nashr setelah berpindah-pindah ke banyak tempat. Abduh kecil hingga remaja banyak menekuni pelajaran membaca dan menulis, dan pada usia 12 tahun ia sudah mampu menghafal al-Qur’an dalam bimbingan langsung sang ayah.
Pemikiran-pemikiran cemerlangnya mulai muncul ketika ia dikirim belajar secara formal oleh ayahnya ke Perguruan di Masjid Ahmadi untuk mempelajari Bahasa Arab, Nahwu, Shorof, dan lain-lain, yang terletak di desa Thanta, salah satu desa di Mesir. Namun, ia merasa bahwa apa yang dipelajarinya sangat monoton dan ia tidak mengerti apa maksud dari ilmu yang ia dapatkan, karena ia hanya menghafal pelajaran-pelajaran itu tanpa tahu apa substansinya.
Ia tidak puas dengan metode belajar yang ada, yang hanya mementingkan hafalan tanpa memahami pengertian dari yang dipelajarinya itu. Bahkan ia berpikir lebih baik tidak belajar dari pada menghabiskan waktu hanya untuk menghafal istilah-istilah nahwu dan fikih yang tidak dipahaminya, sehingga ia kembali ke Mahallah Nashr (kampungnya) dan hidup sebagai petani serta melangsungkan pernikahan dalam usia 16 tahun.
Sang ayah tidak menyetujui langkah yang diambil oleh Abduh, ia memerintahkan Abduh untuk kembali ke Thanta dan menekuni kembali pelajarannya. Dengan terpaksa ia pun kembali ke Thanta. Namun, di tengah perjalanan ia membelokkan langkah kakinya menuju sebuah desa tempat tinggal pamannya, yaitu Syaikh Darwsy Khadir (paman dari ayah Muhammad Abduh) di Kanisah Urin.
Syaikh Darwisy adalah seorang penganut aliran tasawuf Thariqah Syadziliyah dan memiliki pengetahuan yang luas. Syaikh Darwsy mengetahui sebab-sebab keengganan Abduh untuk belajar di Thanta, maka ia selalu mengajak Muhammad Abduh supaya membaca buku bersamanya.
Kisah perjalanan hidup Muhammad Abduh diabadikan dalam buku yang berjudul “Muzakirat alImam Muhammad Abduh” karya muridnya, Muhammad Rasyid Ridla. Dalam buku tersebut dijelaskan bahwa pada saat itu ia benci melihat buku, dan buku yang diberikan Darwsy itu dibuangnya jauh-jauh. Lalu buku tersebut dipungut lagi oleh Darwsy dan diberikan lagi pada Abduh.
Darwsy selalu sabar menghadapi Abduh, dan pada akhirnya Abduh mau juga membaca buku tersebut beberapa baris. Setiap barisnya Darwisy memberikan penjelasan yang luas tentang arti dan maksud yang terkandung dalam kalimat tersebut. Akhinya Muhammad Abduh berubah sikapnya terhadap buku dan ilmu pengetahuan. Dia mulai paham dengan apa yang dibacanya, kemudian ia kembali ke Thanta pada bulan Oktober 1865 M/1286.