Perkembangan Islam di beberapa wilayah Indonesia sekitar abad ke-12 sampai abad ke-16 adalah sebagai berikut:

Pulau Sumatera

Pada abad ke-7 M daerah Sumatera bagian Utara adalah pusat perdagangan rempah-rempah yang sangat ramai. Pedagang-pedagang dari Arab banyak berlabuh di daerah tersebut. Letak pelabuhan yang berada di ujung Utara Pulau Sumatera, menyebabkan daerah ini menjadi tempat yang strategis untuk menunggu datangnya angin musim dari Timur Laut yang menuju ke Barat. Dalam masa penantian musim tersebut, pedagang muslim Arab memanfaatkannya dengan bermacam aktifitas, di antaranya yaitu menyebarkan Islam.

Di Sumatera bagian Selatan, kemunduran Kerajaan Buddha Sriwijaya pada abad ke-13 M, dimanfaatkan oleh Kerajaan Islam Samudera Pasai untuk muncul sebagai satu kekuatan baru.

Pulau Jawa

Penyebaran agama Islam di Pulau Jawa diperkirakan berasal dari Malaka. Namun, kapan tepatnya tidak diketahui dengan pasti. Bukti tertua tentang agama Islam di Pulau Jawa berasal dari batu nisan Fatimah Binti Maimun di Leran Gresik, yang berangka tahun 1082 M. Namun, hal ini belum berarti bahwa saat itu Islam sudah masuk daerah Jawa.

Setelah akhir abad ke-13 M, bukti-bukti Islamisasi sudah banyak ditemukan di Pulau Jawa. Hal ini dapat dilihat dari penemuan beberapa batu nisan bercorak Islam di Troloyo, Trowulan dan Gresik. Dalam Berita Ma-huan (1416) terdapat keterangan tentang adanya orang-orang muslim yang tinggal di kota pelabuhan Gresik. Hal ini membuktikan bahwa komunitas masyarakat muslim mulai berkembang baik di Jawa, terutama di kota-kota pelabuhan.

Pada waktu Kerajaan Majapahit mengalami masa kemunduran, di awal abad ke-15 M, kotakota pelabuhan seperti Tuban dan Gresik muncul sebagai pusat penyebaran agama Islam. Dari kedua kota ini, pengaruh agama Islam menyebar ke kota-kota pelabuhan lain seperti Demak, bahkan sampai ke pelabuhan Maluku. Dari Demak pengaruh Islam menyebar ke kota-kota pelabuhan yang merupakan daerah perdagangan yang sangat ramai seperti Cirebon, Sunda Kelapa, dan Banten.

Pulau Sulawesi

Penyebaran agama Islam di Pulau Sulawesi, terutama bagian Selatan diperkirakan terjadi pada abad ke-16 M. Di daerah ini proses Islamisasi terjadi melalui konversi pusat kekuasaan (istana/ keraton). Konversi agama dijalankan dengan pusat kekuasaan yang telah ada.