Dalam struktur organisasinya NU memiliki suatu Lembaga Bahtsul Masail (LBM). Sesuatu namanya Bahtsul Masail, yang berarti pengakajian terhadap masalah-masalah agama.
Kita maklum, bahwa dari berbagai ilmu pengetahuan agama, fiqih merupakan pengetahuan yang dipandang penting, termasuk bagi ormas NU. Fiqih diposisikan sebagai ratu ilmu pengetahuan. Sebab fiqih merupakan petunjuk bagi seluruh perilaku dan penjelas apa yang boleh dan apa yang tidak boleh. Fiqih merupakan tuntunan praktis dalam mempraktekkan agama dalam berbagai bidang kehidupan, dari soal beribadah hingga berpolitik. Kedudukan fiqih sebagai unsur penting dalam membentuk struktur nilai dan pranata sosial ini, menempatkannya dalam posisi yang strategis bagi upaya perubahan. Maka untuk melakukan transformasi di lingkungan NU mesti dibarengi dengan transformasi tradisi pemikiran fiqih baik kerangka teoritis (ushul fiqh) maupun kaidah-kaidah fiqih (qawaidul fiqhiyah).
Di sinilah posisi penting dari LBM, yakni untuk menjawab berbagai permasalahan keagamaan yang dihadapi warga Nahdhiyin. Munculnya lembaga ini karena adanya kebutuhan masyarakat terhadap hukum Islam praktis (‗amaly) bagi kehidupan sehari-hari yang mendorong para ulama dan intelektual NU untuk mencari solusinya dengan melakukan bahtsul masail.
Pada mulanya Bahtsul Masa’il dilaksanakan setiap tahun, yaitu pada Muhkmatamar I sampai dengan Muhkmatamar XV (1926 – 1940). Namun karena keadaan yang kurang stabil berkaitan dengan meletusnya perang dunia II, maka pelaksanaan bahtsul masa‘il juga tersendat-sendat mengiringi tersendatnya Muktamar.
Cholil Nafis, salah satu pengurus besar NU pernah menerangkan, bahwa dalam perkembangannya sebagai wadah ilmiah NU dalam mencari solusi setiap probleb hukum Islam yang dihadapi oleh masyarakat di bagi dalam tiga periode.
Pertama, periode ta‟sis (pembentukan). Peride ini dimulai sejak berdirinya NU dan dipraktekkan setelah beberapa bulan berikutnya sampai tahun 1990-an. Pembentukan bahtsul masa‘il merupakan pelembagaan dan formalisasi kegiatan yang merupakan bagian dari proses pelaksanaan fungsi tradisional para kyai pesantren sebagai simbol otoritas keagamaan atas permasalahan keagamaan aktual (masa‟il diniyyah waqii‟iyyah) yang diajukan masyarakat atau pribadi yang menjadi unsurnya.
Kedua, periode tajdid (pembaharuan). Periode ini dimulai dengan keputusan Musyawarah Nasional tahun 1992 di Lampung yang memutuskan tentang metode pengambilan (istimbath) hukum untuk mengatasi kebuntuhan hukum (mauquf) karena tidak ada ibarat kitabnya, sampai tahun 2000-an. Dalam keputusan Munas tersebut, metode istimbath dibagi menjadi tiga tingkatan; metode istimbath qauli (termaktub ibarat kitab), metode ilhaqi (analogi masalah kepada masalah yang sudah ada ketentuan hukumnya dalam ibarah kitab) dan metode manhaji (menetapkan hukum dengan cara mengikuti metode imam mazhab tentang masalah yang tidak bisa dijawab oleh metode qauli dan ilhaqi).